在東京出現了一些可以實現人類願望，甚至復製人類思想的神殿石柱。据說這些石柱，本來已一萬多年沉沒於海底，今次再現，原來又是外星人策動的計劃。他們把人類的思想複製到石柱去，然後再把思想轉為訊號，利用這些訊號操控機械巨獸，於是地球的 存亡與否，便決定於人類本身思想的好與壞了。一位少女不滿父親無惡不作的所為

在超人警備隊阿島隊員的故鄉，有市民目睹一條古老的村在剎那間出現，又在瞬間突然消失了……根据研究，有可能是外星人運用「得奇粒子」的能量，令時空產生變化，把已成歷史的老村莊重現眼前，產生時光倒流的現象……村中一位老伯的手掌上，有幾度神奇的貝殼傷痕，時光倒流，把這位老伯帶回歷史之中，揭開了一幕幕感人的往事

在幾百萬年前，地球原本是外星人的故鄉，人類殘暴的祖先在地球進行殺戳把這地方鵲巢鳩佔。而世代以來，所有統治者還一直把紀錄了這個秘密的「亞米加檔案」禁敝起來，不肯承認過錯。事實上，外星人直對地球虎視眈眈，並非因為要侵略，而是想討回公道。這次，外星人決定實行最大的報復行動。即使地球高層最終決定向宇宙公開承

超人警備隊的里美回到故鄉，無意中發現了一本描寫「大鐵人」秘密的書籍，多年前她爸爸為了出版這本書被外星人所殺，今天 里美再與寫這本書的叔叔重逢。

外星人恐怖分子拿著一種稱為「菠蘿蛋」的化學武器來到了東京，目的是在地球試驗這種武器的威力。超人警備隊今次的任務，是要在東京找出外星人的蹤跡，並把「菠蘿蛋」一併毀滅。隊員水野最近戀上了一個貌若天仙的女牙醫，在毫無防禦的情況下，跟隨她到了一個奇怪的貨倉，在那裡，水野發現了「菠蘿蛋」，這位令水野神魂巔倒的

當危機解除後，尸田參謀不理警備隊成員的反對，決定解散他們，隊長白石接受此命令，其後白石在就某事件聯絡前隊員，並為他們準備了制服，他發現一些怪獸已混入了他們當中，宇宙警備隊再次執行新任務。

自從七星俠離開地球5年後，來自外太空的入侵亦暫時停止，因此字宙警備隊的軍力亦大為削減。主角風森亦離開宇宙警備隊，世界亦似乎回復和平。其後，宇宙警備隊亦加入新成員由紀，她與奈美一起追查磁力異常反應事件，她們發現了黑暗空間，宇宙警備隊受命消減它，到底這些巴格沙星人有何企圖…

七星俠為了地球和平而借風森的身份回歸，同時，怪獸哥多拉出現並告訴風森有關地球的進化問題，大部份人類在心靈上皆被怪獸控制，宇宙警備隊追查來源並發現一座訊息塔，究竟他們可以成功打敗怪獸嗎？

阿卡式紀錄是一個神話，記載整個宇宙古往今來的事跡。加魯杜獸相信此紀錄是真實的，所以想破壞它，當七星俠出現時，宇宙怪獸加爾摩斯出現迎戰，而新班杜獸亦加入戰團，當加魯杜獸發揮全力時，七星俠可與對方抗衡嗎？

七星俠便與新班杜獸決戰，而這兩頭獸新班社獸則是唯一有能力打敗七星俠的班杜獸進化版。期間，另一邊廂，風森到了一個小鎮，這地方正是風森目睹一個年青女子運用神秘力量的附近，後來他從一老人口中發現那怪獸正是老人的女兒三子，但三子現已失蹤了，到底三子是何方神聖，而那神秘男子及控制班社獸的系統是誰呢?風森到底如