《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿，在热闹的市区的地下水道里，生活着主人公：四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。　　某一天，作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射，变异成了一只老鼠，而他随身携带的四只宠物龟也开始发生了变化......

　　因为车祸使得李尚俊（李政宰 饰）失去了部分的记忆。当他看着一张曝光多度的照片时，会触动了记忆的最深处。那是一张女孩子的脸，他的潜意识告诉自己将有一段十分重要的记忆与这名女孩有关，于是他请旧同学江咏仪（张真英 饰）帮他寻找这段记忆。　　过程中两人感觉自己都回到了快乐的学生时代，那个女孩子应该是尚俊

巴巴·沃斯（杰森·莫玛 饰）努力与家人团聚。他疏远的兄弟伊多（戴夫·巴蒂斯塔 饰）抓住了巴巴的女儿哈尼瓦，并发誓要报复他的兄弟。与此同时，巴耶王国和特里凡提亚共和国之间的战争威胁迫在眉睫，这将巴巴和他的家人直接拖入了冲突的中心。